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Identification précoce d'un hybride interspécifique oranger x mandarinier par les marqueurs moléculaire microsatellites (SSR). Examen


Identification précoce d'un hybride interspécifique oranger x mandarinier par les marqueurs moléculaire microsatellites (SSR). Examen


Examen de rattrapage, Matière 2. Marqueurs moléculaires et Amélioration des Plantes. MODULE 'Biotechnologies et Amélioration des Plantes', Parcours S6 : 'Biologie Appliquée aux Productions Végétales', Juin 2017, durée : 75 minutes.
-----> Corrections brèves


QUESTION 1


Afin de connaitre la paternité d'un hybride naturel de Citrus dénommé localement Zhelong zhoupigan, Li et al. (2015, Scientia horticulturae 186, 24-30) ont analysé l'ADN nucléaire (nDNA) et l'ADN chloroplastique (cpDNA) de 20 espèces de Citrus et espèces apparentées par les marqueurs microsatellites nSSR et cpSSR, respectivement.

 Hybride orangier x mandarinier

Les fragments d'ADN amplifiés par PCR à l'aide des amorces CS-017 (pour nDNA) et CP2 (pour cpDNA), ont été séparés sur gel de polyacrylamide 6%. La dernière amorce a permis d'obtenir l'électrophorégramme ci-dessous.

Citrus reticulata x Citrus sinensis

L'utilisation de l'amorce CS-017 pour amplifier le nDNA a permis de regrouper l'hybride naurel inconnu avec Citrus reticulata (mandarinier).
1) Expliquer les raisons du choix du gel de polyacrylamide 6% comme support de séparation par éléctrophorèse des fragments d'ADN amplifiés par PCR. Quels autres supports peuvent être utilisés ans cette situation.
2) A l'aide d'un tableau, comparer les marqueurs moléculaires de type SSR et RAPD (étapes principales, enzymes utilisées, effet de l'environnement, reproductibilité, déterminisme de dominance-codominance).
3) En s'aidant de l'électrophorégramme, déduire la différence structurale susceptible d'expliquer la mobilité de l'ADN amplifié des plantes.
4) Quelles peuvent être les parents mâle et femelle de l'hybride naturel inconnu du Citrus. Justifier les réponses.


QUESTION 2


A l'aide d'un tableau, comparer brièvement les methodes de transfert d'un transgène selon les techniques de la transformation chimique, électroporation, biolistique et via Agrobacterium tumefaciens (Type d'agent de transfert et exigences techniques)


REPONSES. DETAILS


REPONSES BREVES A LA QUESTION 1

Réponse à Q1) Les raisons du choix du gel de polyacrylamide 6% comme support de séparation par éléctrophorèse des fragments d'ADN amplifiés par PCR, reposent sur le fait que les fragments d'ADN générés par le marquage SSR sont généralement courtes et nécéssitent un gel de polyacrylamide peu concentré. D'autres supports, comme un gel d'agarose plus concentré cette fois (ex 2,5%) peuvent être utilisés dans cette situation.
Réponse à Q2)
Comparaison des marqueurs moléculaires de type SSR et RAPD (étapes principales, enzymes utilisées, effet de l'environnement, reproductibilité, déterminisme de dominance-codominance).

rapd ssr

Réponse à Q3)

La différence structurale susceptible d'expliquer la mobilité de l'ADN amplifié des plantes réside dans le nombre de répétition du microsatellite qui est plus élevé chez Citrus réticulata (mandarinier) et faible chez Citrus sinensis (orangier).
Réponse à Q4) Les parents mâle et femelle de l'hybride naturel inconnu du Citrus .Etant donné que les microsatellites de l'ADN chloroplastique, porteur de l'hérédité maternelle, sont les même entre l'hybride naturel et Citrus sinensis est en faveur démontre que ce dernier est le parent femelle de l'hybride. L'utilisation de l'amorce CS-017 utilisée pour amplifier le nDNA et qui a permis de regrouper l'hybride naurel inconnu avec Citrus reticulata (mandarinier), montre que ce dernier est le parent mâle de l'hybride..


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REPONSES BREVES A LA QUESTION 2


Comparaison brève des methodes de transfert d'un transgène selon les techniques de la transformation chimique, électroporation, biolistique et via Agrobacterium tumefaciens (Type d'agent de transfert et exigences techniques)

tranfert modes

LIENS UTILES


- Identification des palmiers dattiers mâles (dokkars) par les marqueurs SSR (microsatellites)
تشخيص ذكور النخيل (دكار) بواسطة المؤشرات الجزيئية

- Amélioration génétiques des plantes autogames
- Amélioration génétiques des plantes allogames
- Sélection Assistée par Marqueurs (MAS)
- Autogames, allogames. Exercice
- Sélection des plantes autogames. Exercice
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- RFLP et sélection des protoplastes chez l'oranger. Examen S5_2012
- RAPD et sélection de la tomate. Examen S5_2012
- Microsatellites (SSR) et MAS chez la tomate. Examen 2013
- SSR (microsatellites)
- Marqueurs RAPD et SSR et test de la pureté des semences chez la tomate (examen 1, 2019


- Faire un Quiz formatif (Contrôle noté) sur les Biotechnologies des Plantes et Marqueurs moléculaires

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    Microsatellites (SSR). Orangier, mandarinier