Contrôle de la matière 'Marqueurs moléculaires et Amélioration des plantes' du module 'Biotechnologies et amélioration des plantes', parcours 'Biologie appliquée aux productions végétales', S6, Juillet 2021 ", Faculté Sciences-Semlalia, Université Cadi Ayyad, Marrakech, Morocco. Durée : 75 minutes
L'examen porte sur l'identification des dokkars du palmier dattier par les microsatellites (SSR)
Corrections brèves à la fin de l'épreuve ---- Liens à contenu similaire
Dans le cadre d'identifier les palmiers dattiers mâles ou pollinisateurs (dokkars) nécessaires pour améliorer la phoeniciculture, Chaouch Khouane et al. 2020 (Scientia Horticulturae 274) ont utilisé 25 marqueurs SSR (microsatellites). Ainsi l'ADN a été purifié à partir de folioles de plusieurs palmiers males dokkars et les palmiers femelles cultivars auxquels ils sont reliés, dont les cultivars Deglet-noor et Ghars.
Dans le cas de plusieurs amorces testées pour l'amplification de l'ADN, les paramètres de la PCR étaient les suivants : une dénaturation initiale à 94°C, 3 min suivie de 10 cycles de 20 s à 94°C, 60 s à 54°C et 30 s à 72°C. Une élongation finale a été appliquée 8 minutes à 72°C. Les ADN des amplifiats ont été séparés par électrophorèse sur des gels de polyacrylamide à 6 % révélés par le nitrate d'argent. Les paires d'amorces utilisées pour chaque marqueur SSR (locus), leurs températures de fixation (annealing temperature) et le nombre d'allèles détectés (N) sont résumés dans le tableau suivant.
Les résultats de l'électrophorèse obtenus avec l'amorce SSR mPdCIR35, sont résumés dans la figure suivante
1. Citer le rôle d'un palmier dattier male pollinisateur (dokkar) dans l'amélioration de la phoeniciculture ?.
2. A l'aide d'un tableau, comparer brièvement les marqueurs SSR et RAPD (amorces utilisées, électrophorèse, nombre d'allèles, dominance-codominance).
3. A l'aide du tableau décrivant les amorces SSR, justifier le choix des températures de fixation des amorces (annealing) différant pour chaque marqueur SSR (locus).
4. Pour quelles raisons les auteurs ont utilisé le polyacrylamide 6% pour séparer par électrophorèse les fragments d'ADN résultant de l'amplification par PCR ?. Y'a-t-il une autre alternative ?, justifier les réponses.
5. Quelle(s) différence(s) structurale(s) existe(ent)-t-elle(s) entre les fragments d'ADN de petite taille et celles de grande taille ?
6. A l'aide du tableau descriptif des amorces, quel est le marqueur SSR (locus) qui est susceptible de montrer le minimum de bandes, après électrophorèse ?, justifier la réponse
7. Quels sont les nombres d'allèles SSR montrés par les palmier dokkars de Deglet-noor (DNM) et de Ghars (GHM) ?.
8. Quelles applications peut-on tirer de cette étude quant à l'identification des ressources génétique du palmier dattier et son amélioration qualitative ?
REPONSES. DETAILS
Réponse
à la Question 1 : Dans la phoeniciculture, le palmier mâle (dokkar) contribue à améliorer la maturité et la qualité du fruit à travers l'effet métaxénique du pollen
Réponse à la Question 2:
| SSR | RAPD | |
| Amorces utilisées | 2 amorces amplifiant une séquence répétée de di-tri- ou tétranucléotides | Une seule amorce aléatoire |
| Electrophorèse | Gels de polyacrylamide | Gels d'agarose |
| Allèles | Marqueurs multialléliques | Quelques allèles |
| Dominance/ codominance | Codominance | Dominance |
Réponse à la Question 3: Le choix des températures de fixation des amorces dépend de leurs longueurs et leurs compositions en nucléotides.
Réponse à la Question 4 :
L'utilisation de gels de polyacrylamide 6% est justifiée par la taille faible des fragments d'ADN résultant de l'amplification par PCR. L'utilisation de gels d'agarose à hautes concentrations (exemple 3%) est une alternative aux gels de polyacrylamide. Ceci permet d'éviter la fuite hors gel des fragments d'ADN courts.
Réponse à la Question 5 :La différence structurale réside dans le nombre de répétition du microsatellite
Réponse à la Question 6:
Le marqueur susceptible de donner le minimum de bandes est mPdCIR32, car il montre deux allèles et comme un allèle correspond à une bande, le nombre d'allèles est égal au nombre de bandes.
Réponse à la Question 7: Palmier dokkars de Deglet-noor (DNM) : 3 (= nombre de bandes)
Palmier dokkars de Ghars (GHM) : 3 (= nombre de bandes)
Réponse à la Question 8 :Identification précoce des mâles associés à chaque cultivar de palmier dattier. Ainsi, l'effet métaxénique des pollens assurant une meilleure qualité fruitière, est bien conservé pour chaque cultivar.
LIENS UTILES
- Plantes. Transgénèse, génie génétique
- Transformation sens (chitinase)
- Chitinase engineered plants
- Chitinase. Tests
- RFLP et sélection des protoplastes chez l'oranger. Examen S5_2012
- RFLP, RAPD et sélection chez le Cyprès du Japon (examen 2013)
- Microsatellites
(SSR) et transgénèse chez le niébé. Examen S6 2017
- Polygalacturonase. Transformation (contrôle)
- Transformation du bouleau avec la toxine BGT (contrôle)
- Culture de tomate au Maroc. Aperçu sur les recherches scientifiques
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