L'évaluation de la diversité génétique des ressources naturelles est un préalable indispensable à la définition des stratégies de leur gestion ou leur amélioration génétique. La diversité génétique est liée au polymorphisme montré par les espèces.

Les informations obtenues au niveau phénotypique sont souvent difficiles à interpréter, car, il s'agit de variations continues où de nombreux gènes peuvent y être impliqués. Les marqueurs génétiques de types protéique, enzymatique ou nucléiques, dont l'expression est indépendante de l'environnement peuvent être utilisés pour caractériser les populations et évaluer leur diversité génétique aux niveaux intra- et inter-populations.

Historique de l'utilisation des marqueurs

Différents types de polymorphismes

1/ Polymorphisme des protéines.

- Polymorphisme des protéines de réserve.
- Polymorphisme enzymatique (isoenzymes).

2/ Polymorphisme de l'ADN (Acide désoxyribonucléique, DNA).

Les DNA nucléaire et cytoplasmique (DNA des chloroplastes (cpDNA) et le DNA mitochondrial (mtDNA)) peuvent être étudiés pour leur polymorphisme. Les cpDNA et mtDNA sont de taille plus faible par rapport à celle du DNA nucléaire. Cependant, ils existent sous forme de plusieurs copies dans une cellule et sont généralement transmis maternellement.

Polymorphisme basé sur la restriction de l'ADN.

Polymorphisme détecté par les marqueurs moléculaires de type 'RFLP'

Polymorphisme basé sur la polymérisation en chaîne de l'ADN (PCR):

- Polymorphisme détecté par les marqueurs moléculaires de type RAPD
- Polymorphisme détecté par les marqueurs de type microsatellites (SSR)

Polymorphisme basé sur la restriction de l'ADN et la PCR.

Polymorphisme détecté par les marqueurs de type AFLP

Polymorphisme détecté par d'autres techniques

Qualités d'un bon marqueur.

- Polymorphe.
- Transmis de façon codominante.
- Facile à obtenir.
- Reproductible.
Aucun marqueur ne possède toutes les qualités requises

Localisation des marqueurs

Moyens de détection des marqueurs

L'électrophorèse est une méthode d'analyse et de séparation basée sur les critères de la chargeélectrique et la taille des molécules. La migration différentielle de particules chargées électriquement, se fait sous l'influence d'un champs électrique. Seules les particules chargées positivement ou négativement sont attirées par les pôles opposés du champs électrique. Les composés qui peuvent être transformés en particules chargées par formation de complexes, sont de même sujets à une migration sous l'effet du champs électrique.

Les marqueurs moléculaires obtenus par électrophorèse sont d'un grand intérêt dans la sélection des plantes (MAS ou 'Marker Assisted Selection')

diversité génétique. Marqueurs